内閣府は，2022年12月6日に，『日本学術会議の在り方についての政府方針』（https://www.cao.go.jp/scjarikata/20221206houshin/20221206houshin.pdf）を公表しました。しかし，この方針には問題が多く，日本学術会議は，2022年12月21日の総会後即座に，声明「内閣府『日本学術会議の在り方についての政府方針』（令和4年12月6日）について再考を求めます」を発出しました。そこでは，下記の６つの懸念事項が声明として示されました。
人文地理学の進歩，発展及び普及を図り，もって学術及び文化の発展に寄与することを目的とする人文地理学会は，今次の日本学術会議の声明を支持します。
2023年1月15日
一般社団法人 人文地理学会
記
声明「内閣府『日本学術会議の在り方についての政府方針』（令和4年12月6日）について再考を求めます」（https://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-25-s186.pdf）
- そもそも，すでに学術会議が独自に改革を進めているもとで，法改正を必要とすることの理由（立法事実）が示されていない点
- 会員選考のルールや過程への第三者委員会の関与が提起されており，学術会議の自律的かつ独立した会員選考への介入のおそれのある点
- また，第三者委員会による会員選考への関与は，任命拒否の正当化につながりかねない点
- 現在，説明責任を果たしつつ厳正に行うことを旨とした新たな方式により会員選考が進められているにもかかわらず，改正法による会員選考を行うこととされ，そのために現会員の任期調整が提示されている点
- 現行の三部制に代えて四部制が唐突に提起されたが，これは学問の体系に即した内発的論理によらない政治的・行政的判断による組織編成の提案であり，学術会議の独立性が侵害されるおそれが多分にあることを示した点
- 政府等との協力の必要性は重要な事項であるが，同時に，学術には政治や経済とは異なる固有の論理があり，「政府等と問題意識や時間軸等を共有」できない場合があることが考慮されていない点